پنل NGS بیماری‌های متابولیک (Inherited Metabolic Disorders NGS Panel)

بیشتر بخوانید

پنل NGS پاراپلژی اسپاستیک ارثی (Hereditary Spastic Paraplegia NGS Panel)

بیشتر بخوانید

پنل NGS آتاکسی های ارثی ( Hereditary Ataxias NGS Panel)

بیشتر بخوانید

پنل NGS سیلیوپاتی‌ها (Ciliopathies NGS Panel)

بیشتر بخوانید

این متن برای نخستین بار در وب سایت کلینیک ژن منتشر شده است برای دسترسی به متن کامل با دنبال کردن لینک در عنوان مطلب به وب سایت کلینیک ژن مراجعه کنید.

این متن برای نخستین بار در وب سایت کلینیک ژن منتشر شده است برای دسترسی به متن کامل با دنبال کردن لینک در عنوان مطلب به وب سایت کلینیک ژن مراجعه کنید.

فهرست:

• ‏کاربردهای بالینی‏ آزمایش Array
• ‏مزایای آزمایش Array‏
•  محدودیت‌های آزمایش Array
• تکنیک های زمینه ای مختلف آزمایش Array

آزمایش ریزآرایه کروموزومی (Chromosomal Micro Array – CMA) به اختصار تکنیک Array  یا اری نیز نامیده می شود و یک ابزار تشخیصی قدرتمند برای شناسایی علل ژنتیکی بیماری ها و مشکلات رشد و تکامل ناشی از حذف یا مضاعف شدگی قطعات کوچک DNA می باشد.

این تکنیک به عنوان کاریوتایپ مولکولی نیز شناخته می شود و یک روش آزمایش ژنتیکی با وضوح بالا است که کل ژنوم را برای حذف یا مضاعف شدگی ها یا تغییرات در تعداد کپی (Copy Number Variations – CNVs)  DNA تجزیه و تحلیل می کند بنابراین تکنیک Array می تواند بخش های کوچکی از DNA حذف یا مضاعف شده را شناسایی کند. برخی از تغییرات در تعداد کپی ها با شرایط سلامتی خاصی مرتبط هستند، در حالی که برخی دیگر ممکن است تغییرات طبیعی در ژنوم انسان را نشان دهند. ‏

‏کاربردهای بالینی‏ آزمایش Array

استفاده از آزمایش ریزآرایه های کروموزومی در این موراد ممکن است مورد استفاده قرار بگیرد.:‏

• ‏ تأخیر رشد غیرقابل توجیه
• تاخیر تکامل
• ناتوانی های ذهنی
• اختلالات طیف اوتیسم
• ‏ناهنجاری های مادرزادی‏‏
• ‏تشخیص قبل از تولد‏‏ در موارد یافته های سونوگرافی غیر طبیعی ‏
• بیماری های ژنتیکی غیر قابل توجیه

‏مزایای آزمایش Array‏

• وضوح بالاتر‏‏: در مقایسه با تکنیک کاریوتایپ، این روش می تواند تغییرات ژنتیکی کوچکتر را شناسایی کند. ‏
• ‏تجزیه و تحلیل جامع‏‏: این روش امکان تجزیه و تحلیل همزمان هزاران بخش DNA را فراهم می کند و آن را به روشی مقرون به صرفه و کارآمد برای آزمایش ژنتیکی تبدیل می کند. ‏
• تشخیص بیماری های ناشی از حذف های ریز کروموزمی: مانند سندرم دی جرجیا سندرم ویلیامز
• شناسایی واریانت های ناشناخته ریز کروموزمی‏‏: این آزمایش می تواند تغییرات در تعداد کپی را که ممکن است با روش های دیگر تشخیص داده نشود کشف کند و به تشخیص بیماری های ژنتیکی پیچیده کمک کند. ‏

 محدودیت‌های آزمایش Array

در حالی که Array ابزاری بسیار مفید است، محدودیت‌هایی دارد:

• تفسیر نتایج: برخی از یافته‌ها ممکن است با هیچ شرایط پزشکی واضحی ارتباط نداشته باشند.
• ملاحظات اخلاقی: آزمایش ژنتیکی ممکن است نگرانی‌های اخلاقی ایجاد کند، به‌ویژه زمانی که به آزمایش پیش از تولد یا یافته‌های تصادفی که مرتبط با وضعیت فعلی فرد نیست، پرداخته شود.
• عدم توانایی شناسایی اختلالات متعادل کروموزمی
• عدم جامعیت برای همه اختلالات ژنتیکی: میکروآرایه کروموزومی قادر به شناسایی جهش‌هایی که در سطح توالی DNA رخ می‌دهند، مانند جهش‌های در ژن‌های منفرد، نیست.
• یافته های غیر قطعی: ممکن است تغییرات با اهمیت بالینی نامعلوم (Variants of Unknown Clinical Significance – VUS) شناسایی شود که نیاز به تحلیل‌های بیشتر یا مطالعات خانوادگی داشته باشند.

تکنیک های زمینه ای مختلف آزمایش Array

تکنیک های زمینه ای یا پلتفرم های مختلفی برای شناسایی اختلالات ریز کروموزومی مورد استفاده قرار می گیرند. از جمله تکنیک های رایج می توان به این موراد اشاره کرد:

• Next Generation Sequencing یا NGS
• Array CGH
• SNP Array

‏ریزآرایه های کروموزومی ابزاری حیاتی در ژنتیک مدرن هستند که بینش هایی را در مورد اساس ژنتیکی شرایط مختلف سلامتی ارائه می دهند. توانایی آنها در تشخیص تغییرات ژنتیکی ظریف آنها را برای تشخیص اختلالات رشدی و مادرزادی بسیار ارزشمند می کند و در نهایت مدیریت بیمار و گزینه های درمانی را هدایت می کند. ‏

در صورت تمایل به دریافت مشاوره ژنتیک یا نیاز به انجام تست ژنتیک، جهت هماهنگی و تعیین نوبت مراجعه اینجا را کلیک کنید.

این متن برای نخستین بار در وب سایت کلینیک ژن منتشر شده است برای دسترسی به متن کامل با دنبال کردن لینک در عنوان مطلب به وب سایت کلینیک ژن مراجعه کنید.

فهرست:

• NGS چگونه کار می کند؟
• کاربرد های NGS
  1. تشخیص بالینی:
  2. سلامت باروری و تست های قبل از تولد:
  3. تحقیقات و اکتشافات جدید:
  4. کشاورزی و اکولوژی
  5. بیماری های عفونی و میکروبیوم
  6. پزشکی قانونی و حفاظت
•  مزایای NGS
• چالش ها و ملاحظات NGS

تکنولوژی تعیین توالی نسل جدید یا NGS (Next Generation Sequencing) یک فناوری انقلابی است که به دانشمندان اجازه می دهد تا با “سرعت”، “حساسیت” و با “دقت” بسیار بالا توالی DNA یا RNA را تعیین کنند. برخلاف روش های سنتی مانند توالی یابی سنگر (Sanger sequencing)، NGS می تواند میلیون ها قطعه را به طور همزمان تجزیه و تحلیل کند و این ویژگی، آن را به ابزاری قدرتمند در پزشکی، ژنتیک بالینی و تحقیقات بیولوژیکی تبدیل کرده است.

NGS چگونه کار می کند؟

NGS شامل یک فرآیند چند مرحله ای است.

1. آماده سازی کتابخانه: ابتدا قطعات DNA یا RNA به قطعات کوچک، تکه تکه شده و هر کدام از قطعات با آداپتورها برچسب گذاری می شوند و یک “کتابخانه” از توالی ها ایجاد شود.
2. تقویت کلونال: قطعات بسته به پلتفرم مورد استفاده برچسب گذاری شده به یک سطح جامد (به عنوان مثال، مهره ها) متصل می شوند و به صورت کلونال تکثیر یا تقویت می شوند تا قدرت سیگنال را افزایش دهند.
3. توالی یابی با سنتز: هر قطعه با استفاده از آشکارسازی نوری یا الکتریکی، همزمان با سنتز قطعه و اضافه شدن نوکلئوتیدها به توالی، باز به باز توالی‌یابی می‌شود.
4. تجزیه و تحلیل داده ها: میلیون‌ها قطعه کوتاه تعیین توالی شده با یک ژنوم مرجع هم‌تراز و مقایسه می‌شوند و ابزارهای آنالیز بیوانفورماتیک واریانت ها را شناسایی می‌کنند.

کاربرد های NGS

از جمله کاربرد های این تکنولوژی می توان به این موارد اشاره کرد:

تشخیص بالینی:

• تشخیص واریانت های بیماری زا در ژن های شناخته شده مرتبط با بیماری های ژنتیکی با استفاده از تکنیک های توالی یابی هدفمند (Targeted Sequencing)، توالی یابی کل اگزوم (Whole Exome Sequencing – WES) و توالی یابی کل ژنوم (Whole Genome Sequencing). برای آگاهی بیشتر در مورد این روش های توالی یابی این مطلب را مطالعه کنید.    
• فارماکوژنومیک و پزشکی شخصی: طراحی درمان، انتخاب دارو و تنظیم دوز دارو بر اساس پروفایل ژنتیکی فردی بیمار
• ژنومیک سرطان: برای شناسایی جهش های محرک (driver mutations) و مکانیسم های مقاومت دارویی

سلامت باروری و تست های قبل از تولد:

• تست های غیرتهاجمی دوران بارداری (NIPT) برای غربالگری آنوپلوئیدی
• غربالگری ناقلین برای بیماری های اتوزومال مغلوب و وابسته به X مغلوب
• آزمایش ژنتیکی قبل از لانه گزینی (Preimplantation Genetic Testing – PGT)

تحقیقات و اکتشافات جدید:

• توالی یابی کل ژنوم و کل اگزوم برای کشف ژن های جدید
• آنالیز رونوشت های RNA برای تجزیه و تحلیل بیان ژن ها
• سنجش های اپی ژنومی (ChIP-Seq، ATAC-Seq) برای نقشه برداری از حالت های کروماتین و عناصر تنظیمی

کشاورزی و اکولوژی

• ژنومیک گیاهان زراعی و دام ها برای انتخاب صفات مطلوب (مقاومت به بیماری، بهبود عملکرد)
• بررسی های متاژنومی میکروبیوم های آب و خاک برای ارتقا سلامت اکوسیستم
• پایش گونه های مهاجم از طریق DNA محیطی (eDNA)

بیماری های عفونی و میکروبیوم

• نظارت بر پاتوژن ها و ردیابی شیوع بیماری (توالی یابی ژنوم ویروسی)
• تعیین پروفایل مقاومت آنتی بیوتیکی در عفونت های باکتریایی
• تجزیه و تحلیل میکروبیوم انسانی برای مطالعه برهمکنش های میزبان و میکروب

پزشکی قانونی و حفاظت

• بارکدگذاری DNA برای شناسایی گونه ها در پایش حیات وحش
• تعیین ژنوتیپ از نمونه های کمیاب یا تخریب شده در پزشکی قانونی
• ژنتیک جمعیت برای هدایت استراتژی های حفاظت از گونه های در معرض خطر انقراض

 مزایای NGS

• توانایی توالی یابی همزمان در مقیاس عظیم: تعیین توالی میلیون ها سکانس در یک ران تست
• مقرون به صرفه: هزینه کمتر به ازای هر باز یا نوکلئوتید در مقایسه با روش های قدیمی
• سرعت: توانایی تعیین توالی یابی کل ژنوم در چند روز یا گاهی چند ساعت (بسته به پلتفرم مورد استفاده)
• دقت: توانایی شناسایی واریانت های با فرکانس پایین
• تطبیق پذیری: برای تجزیه و تحلیل نمونه های مختلف DNA، RNA، اپی ژنتیک و نمونه های میکروبی

چالش ها و ملاحظات NGS

• حجم بالا و پیچیدگی داده ها: آنالیز داده ها به ابزارهای بیوانفورماتیک پیشرفته نیاز دارد.
• تفسیرنتایج: واریانت های جدید و با اهمیت بالینی نامشخص (VUS – Variant of uncertain significance) می توانند نتایج را پیچیده کنند.
• نگرانی های اخلاقی: یافته های ثانویه (secondary findings) و مسائل مربوط به حریم خصوصی باید به دقت مورد توجه قرار بگیرد.
• زیرساخت: استفاده از این تکنولوژی نیاز به تجهیزات تخصصی و پرسنل آموزش دیده برای اجرا و آنالیز دیتا دارد.

NGS به سرعت به تکامل خود ادامه می دهد و تکنیک های نوظهور در توالی یابی دامنه آن را گسترش می دهد. با بلوغ فناوری ها و کاهش بیشتر هزینه ها، این تکنولوزی نوید بینش عمیق تری در علم و صنعت را می دهد.

برای کسب اطلاعات بیشتر مطالب زیر را نیز مطالعه نمایید:

انواع مختلف تست‌های ژنتیکی کدامند؟
توالی‌یابی کل اگزوم (Whole Exome Sequencing – WES) و توالی‌یابی کل ژنوم (Whole Genome Sequencing) چیست؟

در صورت تمایل به دریافت مشاوره ژنتیک یا نیاز به انجام تست ژنتیک، جهت هماهنگی و تعیین نوبت مراجعه اینجا را کلیک کنید.

این متن برای نخستین بار در وب سایت کلینیک ژن منتشر شده است برای دسترسی به متن کامل با دنبال کردن لینک در عنوان مطلب به وب سایت کلینیک ژن مراجعه کنید.

فهرست:

تست کروموزومی یا کاریوتایپ چیست؟‏

‏آزمایش کاریوتایپ نوعی ‏‏تست ژنتیکی‏‏ است که اندازه، شکل و تعداد ‏‏کروموزوم‏‏ ها را در نمونه ای از سلول های بدن بررسی می کند. کروموزوم ها در هسته سلول یافت می شوند که مانند مرکز فرماندهی یک سلول است. کروموزوم ها حاوی ‏‏ژن‏‏ ها هستند. ژن ها حاوی اطلاعاتی به نام ‏‏DNA‏‏ هستند که ظاهر و نحوه عملکرد بدن را کنترل می کند.‏

افراد کروموزوم های خود را از والدین خود به ارث می برند. به طور معمول، تمام سلول های بدن (به جز سلول های تولید مثلی تخمک و اسپرم) دارای مجموعه ای از 46 کروموزوم یا 23 جفت کروموزوم هستند. هر جفت دارای دو کروموزوم است که هر کدام از یکی از والدین می آید. اگر سلول های فرد کروموزوم های کامل یا تکه هایی از کروموزوم ها را از دست داده یا ‏کروموزوم های اضافی یا قطعات اضافی کروموزوم داشته باشد‏ فرد به اختلالات ژنتیکی خاصی مبتلا خواهد شد.

‏تست کاریوتایپ چه چیزی را بررسی می کند؟

تست کاریوتایپ این موارد را بررسی می کند:

• آیا مجموعه کاملی از 46 عدد کروموزوم وجود دارد یا نه.‏‏ اختلالات تعدادی کروموزوم ها یا داشتن ‏‏کروموزوم های اضافه (تریزومی) یا کم (مونوزومی) می تواند باعث مشکلات جدی در سلامتی، تکامل و رشد طبیعی شود. مانند ‏‏سندرم داون (کروموزوم اضافی 21)‏‏ و ‏‏سندرم ترنر  (از دست دادن یک نسخه کروموزوم X)
• ‏آیا اختلالات یا ‏‏تغییراتی در ساختار کروموزوم‏‏ ها وجود دارد یا نه.  اختلالات ساختاری کروموزم ها مانند قطعات شکسته شده، حذف شده یا اضافه شده. این تغییرات بسته به اینکه کدام کروموزوم ها تحت تأثیر قرار بگیرند، ممکن است مشکلات بسیار متنوعی ایجاد کنند. برخی از تغییرات در کروموزوم ها مشکلی ایجاد نمی کنند.‏

‏برخی ‏‏از مشکلات کروموزومی از بدو تولد وجود دارد‏‏. برخی دیگر از مشکلات کروموزومی ممکن است در سلول های خاصی پس از تولد ایجاد شود. این مشکلات می توانند انواع خاصی از سرطان را ایجاد کنند.‏

‏نامهای دیگر: آزمایش ژنتیکی، آزمایش کروموزوم، مطالعات کروموزوم، تجزیه و تحلیل سیتوژنتیک‏

‏تست کاریوتایپ در چه مواردی انجام می شود؟‏

آزمایش کاریوتایپ به دنبال تغییرات غیر طبیعی در کروموزوم ها بوده و ممکن است برای موارد زیر استفاده شود:‏

• وجود یک اختلال ژنتیکی در اعضای خانواده‏
• وجود علائمی که ممکن است ناشی از یک اختلال ژنتیکی باشد.
• ناباروری با علت زنانه یا مردانه
• سقط مکرر (سابقه 2 یا بیش از 2 مورد سقط قبل از هفته 20 بارداری)
• مرده زایی‏
• شکست مکرر درمان های کمک باروری
• بررسی ژنتیک جنین سقط شده یا جنینی که در طی بارداری مبتلا به ناهنجاری تشخیص داده شده است.  ‏‏
• تولد نوزاد مبتلا به ناهنجاری های متعدد مادرزادی
• کمک به تشخیص و یا تصمیم گیری درمانی برای انواع خاصی ‏‏از سرطان‏‏ و ‏‏اختلالات خونی‏
• ابهام جنسیت

تست کاریوتایپ بر روی چه نمونه های زیستی قابل انجام است؟

‏ آزمایش کاریوتایپ با استفاده از انواع مختلف نمونه های زیستی قابل انجام می باشد:

‏برای آزمایش کروموزوم های جنین در دوران بارداری‏‏، نمونه ممکن است با استفاده از موارد زیر جمع آوری شود:‏

• ‏آمنیوسنتز‏‏.‏‏ این روش نمونه ای از مایع آمنیوتیک را که جنین را در دوران بارداری احاطه کرده است، جمع آوری می کند. این مایع حاوی سلول هایی از نوزاد است که می توان آنها را آزمایش کرد. آمنیوسنتز معمولا بین هفته 15 تا 20 بارداری انجام می شود.‏
• ‏نمونه برداری از پرزهای جفتی (chorionic villus sampling – CVS):‏‏ این روش بافت پرزهای جفتی را جمع آوری می کند، که بخش هایی از جفت هستند و معمولا کروموزوم های مشابه جنین دارند. (جفت اندامی است که در رحم رشد می کند تا مواد مغذی و اکسیژن را برای جنین فراهم کند.) CVS معمولا بین هفته های 10 تا 13 بارداری انجام می شود.‏

‏برای آزمایش کروموزوم های بزرگسالان، کودکان و نوزادان‏‏، نمونه های زیر ممکن است استفاده شود:‏

• ‏نمونه خون:‏‏ نمونه خون رایج ترین نمونه ای است که برای آزمایش کاریوتایپ استفاده می شود. یک متخصص مراقبت های بهداشتی از یک سوزن کوچک برای برداشتن نمونه خون وریدی استفاده می کند.‏
• ‏نمونه سواب باکال (بافت داخل گونه).‏‏ یک متخصص مراقبت های بهداشتی یک سواب را در دهان قرار می دهد و آن را در داخل گونه می چرخاند تا نمونه ای از سلول ها را جمع آوری کند.‏
• ‏آزمایش مغز استخوان‏‏: این آزمایش ممکن است در صورت داشتن نوع خاصی از سرطان یا اختلال خونی استفاده شود. مغز استخوان بافت نرم و اسفنجی است که در داخل استخوان ها یافت می شود. بیشتر نمونه های مغز استخوان از پشت استخوان لگن گرفته می شود.‏

آیا تست کاریوتایپ خطراتی دارد؟

• ‏ آمنیوسنتز یا  CVSهر دو روش های کم خطری هستند، اما خطر کمی (در حدود 1 درصد) برای ایجاد سقط جنین دارند.
• ‏آزمایش خون خطر بسیار کمی دارد. ممکن است در نقطه ای که سوزن وارد شده است، درد یا کبودی جزئی ایجاد شود، اما بیشتر علائم به سرعت از بین می روند.‏
• ‏ سواب باکال هیچ خطری ندارد.‏
• ‏پس از آزمایش مغز استخوان، ممکن است در جایی که نمونه گرفته شده است احساس سفتی یا درد ایجاد شود. این معمولا در عرض چند روز از بین می رود. خطرات جدی نادر است.‏

‏نتایج تست کاریوتایپ به چه معناست؟‏

نتیجه طبیعی یا منفی‏‏ به این معنی است که تعداد 46 عدد کروموزوم در نمونه وجود دارد و هیچ تغییر غیر طبیعی و بیماری زا در ساختار آنها وجود ندارد.

‏نتیجه غیر طبیعی یا مثبت‏‏ به این معنی است که تغییرات غیرعادی در تعداد یا ساختار کروموزوم ها یافت شده است. نتایج غیرطبیعی بسته به تغییرات کروموزومی شناسایی شده می تواند تاثیراتی در سلامتی داشته باشند یا عواقبی داشته باشند.

قبل از انجام آزمایش کاریوتایپ حتما با مشاور ژنتیک مشورت نمایید.

این مطلب اولین بار در تاریخ 3 خرداد سال 1396در سایت کلینیک ژن منتشر شده است.

در صورت تمایل به دریافت مشاوره ژنتیک یا نیاز به انجام تست ژنتیک، جهت هماهنگی و تعیین نوبت مراجعه اینجا را کلیک کنید.

این متن برای نخستین بار در وب سایت کلینیک ژن منتشر شده است برای دسترسی به متن کامل با دنبال کردن لینک در عنوان مطلب به وب سایت کلینیک ژن مراجعه کنید.

 DNA تومور در گردش (circulating tumor DNA- ctDNA) در جریان خون یافت می‌شود و به DNA ای اشاره دارد که از سلول‌های سرطانی و تومورها تولید می شود. بیشتر DNA درون هسته سلول قرار دارد. با رشد تومور، سلول‌ها می‌میرند و با سلول‌های جدید جایگزین می‌شوند. سلول‌های مرده تجزیه می‌شوند و محتویات آنها ، از جمله DNA ، به جریان خون آزاد می‌شود.

ctDNA قطعات کوچکی از DNA هستند که معمولاً کمتر از 200 واحد سازنده یا نوکلئوتید (nucleotides) طول دارند.

مقدار ctDNA در افراد مختلف متفاوت است و به نوع تومور، محل آن و برای تومورهای سرطانی، مرحله سرطان بستگی دارد.

بررسی ctDNA می‌تواند در موارد زیر مفید باشد:

• تشخیص و شناسایی تومور. از آنجا که DNA تومور تغییرات ژنتیکی متعددی را تجربه کرده است که منجر به ایجاد تومور می‌شود، ctDNA دقیقاً با DNA فرد مطابقت ندارد. یافتن DNA با تفاوت‌های ژنتیکی به تشخیص تومور کمک می‌کند. تشخیص نوع تومور با استفاده از ctDNA می‌تواند نیاز به نمونه‌برداری از بافت تومور (بیوپسی تومور) را کاهش دهد، که در مواردی که دسترسی به تومور دشوار است، مانند تومور در مغز یا ریه، می‌تواند چالش برانگیز باشد.
• هدایت درمان اختصاصی تومور. تجزیه و تحلیل ژنوم سلول‌های تومور با استفاده از ctDNA می‌تواند به پزشکان کمک کند تا تعیین کنند کدام درمان مؤثرتر خواهد بود. با این حال، در حال حاضر، تأییدیه سازمان غذا و داروی ایالات متحده برای آزمایش ctDNA برای شخصی‌سازی درمان سرطان محدود است.
• نظارت بر درمان. کاهش مقدار ctDNA نشان می‌دهد که تومور در حال کوچک شدن است و درمان موفقیت‌آمیز بوده است.
• دوره‌های پایش بدون علامت (بهبودی سرطان). فقدان ctDNA در جریان خون نشان می‌دهد که سرطان دچار عود نشده است

مشاوره ژنتیک قبل از انجام تست ctDNA جهت آگاهی از مزایا و محدودیت های تست توصیه می شود.

منبع:

https://medlineplus.gov/genetics/understanding/testing/circulatingtumordna/

این متن برای نخستین بار در وب سایت کلینیک ژن منتشر شده است برای دسترسی به متن کامل با دنبال کردن لینک در عنوان مطلب به وب سایت کلینیک ژن مراجعه کنید.

فهرست:

آزمایش غیرتهاجمی پیش از تولد (Non Invasive Prenatal Testing – NIPT) ، که گاهی اوقات غربالگری غیرتهاجمی پیش از تولد (Non Invasive Prenatal Screening – NIPS) یا تست سل فری نیز نامیده می‌شود، روشی برای تعیین خطر ابتلای جنین به ناهنجاری‌های ژنتیکی خاص است.

NIPT چگونه انجام می شود؟

این آزمایش قطعات کوچکی از DNA  را که در خون زن باردار در گردش هستند، تجزیه و تحلیل می‌کند. برخلاف بخش عمده DNA که در هسته سلول یافت می‌شوند، این قطعات آزاد شناور هستند و درون سلول‌ها قرار ندارند و به همین دلیل DNA بدون سلول (cell-free DNA – cfDNA) یا سل فری نامیده می‌شوند. این قطعات کوچک معمولاً حاوی کمتر از 200 واحد سازنده DNA (جفت باز) هستند و زمانی ایجاد می‌شوند که سلول‌ها می‌میرند و تجزیه می‌شوند و محتویات آنها ، از جمله  DNA، در جریان خون آزاد می‌شود.

در دوران بارداری، جریان خون مادر حاوی ترکیبی از cfDNA است که از سلول‌های مادر و سلول‌های جفت می‌آید. جفت بافتی در رحم است که جنین و خون مادر را به هم متصل می‌کند. این سلول‌ها در طول بارداری به جریان خون مادر ریخته می‌شوند.  DNA  موجود در سلول‌های جفت معمولاً با DNA جنین یکسان است. تجزیه و تحلیل cfDNA جفت فرصتی را برای تشخیص زودهنگام برخی ناهنجاری‌های ژنتیکی بدون آسیب رساندن به جنین فراهم می‌کند.

NIPT چه مواردی را می تواند غربالگری کند؟

آزمایش NIPT اغلب برای بررسی اختلالات کروموزومی ناشی از وجود یک کپی کم یا اضافی از یک کروموزوم (aneuploidy) استفاده می‌شود. NIPT در درجه اول به دنبال موارد زیر است:

• سندرم داون (Down syndrome) یا تریزومی ۲۱ (trisomy 21)، ناشی از یک نسخه اضافی ازکروموزوم ۲۱
• سندرم ادواردز (Edwards syndrome) یا تریزومی 18 (trisomy 18) ناشی از یک نسخه اضافی ازکروموزوم 18
• سندرم پاتو (Patau syndrome)  یا تریزومی 13 (trisomy 13)، ناشی از یک نسخه اضافی ازکروموزوم 13
• کپی‌های اضافی یا کم کروموزوم های جنسی X و Y

دقت NIPT چقدر است؟

دقت این آزمایش بسته به اختلال مورد بررسی متفاوت است. اما در مجموع دقت آن قابل توجه و بالاست.

NIPT چه موارد دیگری را می تواند غربالگری کند؟

NIPT ممکن است شامل غربالگری برای اختلالات کروموزومی دیگری ناشی از حذف بخش های از کروموزم ها یا نواحی تکرار شده نیز باشد.

NIPT در حال شروع به استفاده برای آزمایش اختلالات ژنتیکی است که ناشی از تغییرات (واریانت‌ها) در ژن‌های منفرد هستند. با پیشرفت فناوری و کاهش هزینه آزمایش ژنتیک، محققان انتظار دارند که NIPT برای بسیاری از بیماری‌های ژنتیکی دیگر نیز در دسترس قرار گیرد.

مزایا و محدودیت های NIPT کدامند؟

آزمایش NIPT غیرتهاجمی محسوب می‌شود زیرا فقط نیاز به گرفتن خون از زن باردار دارد و هیچ خطری برای جنین ندارد. NIPT یک آزمایش غربالگری است ، به این معنی که پاسخ قطعی در مورد اینکه آیا جنین بیماری ژنتیکی دارد یا خیر، ارائه نمی‌دهد. این آزمایش فقط می‌تواند تخمین بزند که آیا خطر ابتلا به بیماری‌های خاص افزایش یافته یا کاهش یافته است. در برخی موارد، نتایج NIPT نشان دهنده افزایش خطر ابتلا به ناهنجاری ژنتیکی است در حالی که جنین در واقع تحت تأثیر قرار نگرفته است (مثبت کاذب)، یا نتایج نشان دهنده کاهش خطر ابتلا به ناهنجاری ژنتیکی است در حالی که جنین در واقع تحت تأثیر قرار گرفته است (منفی کاذب).

از آنجا که NIPT هم cfDNA جنین و هم مادر را تجزیه و تحلیل می‌کند، این آزمایش ممکن است یک بیماری ژنتیکی را در مادر تشخیص دهد.

باید cfDNA جنینی به اندازه کافی در جریان خون مادر وجود داشته باشد تا بتوان ناهنجاری‌های کروموزومی جنین را شناسایی کرد. نسبت cfDNA در خون مادر که از جفت می‌آید، به عنوان کسر جنینی (fetal fraction) شناخته می‌شود. به طور کلی، کسر جنینی باید بالای ۴ درصد باشد که معمولاً حدود هفته دهم بارداری اتفاق می‌افتد. کسرهای پایین جنینی می‌تواند منجر به عدم توانایی در انجام آزمایش یا نتیجه منفی کاذب شود. دلایل کسرهای پایین جنینی شامل آزمایش خیلی زود در دوران بارداری، خطاهای نمونه‌گیری، چاقی مادر و ناهنجاری جنینی است.

روش‌های متعدد NIPT برای تجزیه و تحلیل cfDNA جنین وجود دارد. برای تعیین آنیوپلوئیدی کروموزومی، رایج‌ترین روش شمارش تمام قطعات cfDNA (هم جنینی و هم مادری) است. اگر درصد قطعات cfDNA از هر کروموزوم مطابق انتظار باشد، خطر ابتلا به یک بیماری کروموزومی در جنین کاهش می‌یابد (نتیجه آزمایش منفی). اگر درصد قطعات cfDNA از یک کروموزوم خاص بیشتر از حد انتظار باشد، احتمال ابتلا به یک بیماری تریزومی در جنین افزایش می‌یابد (نتیجه آزمایش مثبت). نتیجه غربالگری مثبت نشان می‌دهد که آزمایش‌های  تشخیصی ، زیرا برای تشخیص باید برای تأیید نتیجه انجام شود.

مشاوره ژنتیک قبل و بعد از انجام تست NIPT جهت آگاهی از مزایا و محدودیت های تست و تفسیر نتایج توصیه می شود.

منبع:

این متن برای نخستین بار در وب سایت کلینیک ژن منتشر شده است برای دسترسی به متن کامل با دنبال کردن لینک در عنوان مطلب به وب سایت کلینیک ژن مراجعه کنید.

تعیین ترتیب واحدهای سازنده DNA یا نوکلئوتیدها (nucleotides) در کد ژنتیکی یک فرد، که توالی‌یابی DNA یا (DNA sequencing) نامیده می‌شود، مطالعه ژنتیک را پیشرفت داده و یکی از تکنیک‌های مورد استفاده برای آزمایش اختلالات ژنتیکی است.

دو روش، توالی‌یابی کل اگزوم یا هول اگزوم (Whole Exome Sequencing – WES) و توالی‌یابی کل ژنوم یا هول ژنوم (Whole Genome Sequencing)، به طور فزاینده‌ای در مراقبت‌های بهداشتی و تحقیقات برای شناسایی تغییرات ژنتیکی مورد استفاده قرار می‌گیرند. هر دو روش به فناوری‌های جدیدی متکی هستند که امکان توالی‌یابی سریع مقادیر زیادی DNA را فراهم می‌کنند. این رویکردها به عنوان توالی‌یابی نسل بعدی (Next Generation Sequencing – NGS) شناخته می‌شوند.

فناوری اولیه‌ی تعیین توالی، که تعیین توالی سنگر (Sanger sequencing) نامیده می‌شود، پیشرفتی بود که به دانشمندان در تعیین کد ژنتیکی انسان کمک کرد، اما این روش زمان‌بر و پرهزینه است. امروزه روش سنگر برای سریع‌تر شدن، خودکار شده است و امروزه هنوز در آزمایشگاه‌ها برای تعیین توالی قطعات کوتاه DNA استفاده می‌شود، اما تعیین توالی تمام DNA یک فرد (که به عنوان ژنوم فرد شناخته می‌شود) با این روش سال‌ها طول می‌کشد. تعیین توالی نسل بعدی، این فرآیند را سرعت بخشیده و در عین حال هزینه را کاهش داده است. با استفاده از تکنیک های تعیین توالی نسل بعدی توالی‌یابی ژنوم انسان تنها چند روز تا چند هفته طول می‌کشد.

با توالی‌یابی نسل بعدی، اکنون می‌توان مقادیر زیادی از DNA را توالی‌یابی کرد، به عنوان مثال تمام قطعات DNA یک فرد که دستورالعمل‌هایی برای ساخت پروتئین‌ها ارائه می‌دهند. تصور می‌شود این قطعات که اگزون نامیده می‌شوند، ۱ درصد از ژنوم یک فرد را تشکیل می‌دهند. روی هم رفته، تمام اگزون‌های یک ژنوم به عنوان اگزوم (Exome) شناخته می‌شوند و روش توالی‌یابی آنها به عنوان توالی‌یابی کل اگزوم (Whole Exome Sequencing – WES) شناخته می‌شود. این روش امکان شناسایی تغییرات در ناحیه کدکننده پروتئین همه ژن ها را فراهم می‌کند، نه فقط در چند ژن منتخب. از آنجا که بیشتر جهش‌های شناخته شده‌ای که باعث بیماری می‌شوند در اگزون‌ها رخ می‌دهند، تصور می‌شود که توالی‌یابی کل اگزوم روشی کارآمد برای شناسایی جهش‌های احتمالی ایجادکننده بیماری باشد.

با این حال، محققان دریافته‌اند که تغییرات DNA در خارج از اگزون‌ها می‌تواند بر فعالیت ژن و تولید پروتئین تأثیر بگذارد و منجر به اختلالات ژنتیکی شود. این تغییرات توسط توالی‌یابی کل اگزوم از قلم می افتد. روش دیگری به نام توالی‌یابی کل ژنوم (Whole Genome Sequencing)،  ، ترتیب تمام نوکلئوتیدهای موجود در DNA یک فرد را تعیین می‌کند و می‌تواند تغییرات در هر بخشی از ژنوم را تعیین کند.

اگرچه می‌توان تغییرات ژنتیکی بسیار بیشتری را با توالی‌یابی کل اگزوم و کل ژنوم نسبت به توالی‌یابی ژن‌های انتخابی شناسایی کرد، اما اهمیت بسیاری از این اطلاعات ناشناخته است. از آنجا که همه تغییرات ژنتیکی بر سلامت تأثیر نمی‌گذارند ، دشوار است که بدانیم آیا واریانت های شناسایی‌شده در بیماری مورد نظر دخیل هستند یا خیر. گاهی اوقات، یک واریانت شناسایی‌شده با یک اختلال ژنتیکی متفاوت مرتبط است که هنوز تشخیص داده نشده است (این موارد، یافته‌های تصادفی یا ثانویه نامیده می‌شوند.)

علاوه بر کاربرد در بالین، توالی‌یابی کل اگزوم و کل ژنوم روش‌های ارزشمندی برای محققان هستند. مطالعه‌ی مداوم توالی‌های اگزوم و ژنوم می‌تواند به تعیین اینکه آیا تغییرات ژنتیکی جدید با شرایط سلامتی مرتبط هستند یا خیر، کمک کند و این امر به تشخیص بیماری در آینده کمک کننده می باشند.

منبع:

https://medlineplus.gov/genetics/understanding/testing/sequencing/

این متن برای نخستین بار در وب سایت کلینیک ژن منتشر شده است برای دسترسی به متن کامل با دنبال کردن لینک در عنوان مطلب به وب سایت کلینیک ژن مراجعه کنید.

انواع مختلفی از تست‌های ژنتیکی برای تجزیه و تحلیل تغییرات در ژن‌ها، کروموزوم‌ها یا پروتئین‌ها در دسترس هستند. یک ارائه دهنده خدمات درمانی در هنگام انتخاب تست مناسب، عوامل مختلفی را در نظر می‌گیرد، از جمله اینکه به چه بیماری یا بیماری‌هایی مشکوک هستیم و تغییرات ژنتیکی که معمولاً با آن بیماری‌ها مرتبط هستند. اگر تشخیص نامشخص باشد، ممکن است از تستی استفاده شود که ژن‌ها  یا کروموزوم‌های زیادی را بررسی می‌کند . با این حال، اگر به یک بیماری خاص مشکوک باشیم، ممکن است تست متمرکزتری انجام شود. در نهایت در طی جلسات مشاوره ژنتیک و بعد از آگاهی در مورد جوانب مختلف تست مناسب انتخاب می شود.

انواع مختلفی از تست‌های ژنتیکی وجود دارد:

1- تست‌های مولکولی (Molecular tests): این تست ها به دنبال تغییرات در یک یا چند ژن هستند. این نوع تست‌ها ترتیب بلوک‌های سازنده DNA یا نوکلئوتیدها (nucleotides) را در کد ژنتیکی یک فرد تعیین می‌کنند. به این فرآیند توالی‌یابی DNA یا  (DNA sequencing)  گفته می‌شود. این تست‌ها می‌توانند از نظر دامنه یا وسعت بررسی متفاوت باشند:

• بررسی هدفمند تک‌واریانت (Targeted single variant): این تست‌ها به دنبال یک واریانت خاص در یک ژن هستند. واریانت انتخاب‌شده عامل یک اختلال شناخته‌شده است برای مثال، واریانت خاص درژن HBB  که باعث بیماری کم‌خونی داسی‌شکل ( sickle cell disease)  می‌شود. این نوع تست اغلب برای آزمایش اعضای خانواده فردی که مشخص شده است یک واریانت خاص دارد، استفاده می‌شود تا مشخص شود که آیا آنها یک بیماری خانوادگی (familial condition)  دارند یا خیر.
• بررسی هدفمند تک ژن (Targeted single gene): تست‌های تک ژنی به دنبال هرگونه تغییر ژنتیکی یا واریانت ها در یک ژن هستند. این تست‌ها معمولاً برای تأیید (یا رد) یک تشخیص خاص استفاده می‌شوند، به ویژه هنگامی که واریانت های زیادی در ژن وجود دارد که می‌توانند باعث بیماری مشکوک شوند.
• پانل ژنی (Gene panel): تست‌های پانلی به دنبال واریانت ها در بیش از یک ژن (تعدادی از ژن ها) می‌گردند. این نوع تست اغلب زمانی استفاده می‌شود که فرد علائمی دارد که ممکن است با طیف وسیعی از بیماری‌ها مطابقت داشته باشد، یا زمانی که بیماری مشکوک می‌تواند ناشی از واریانت هایی در بسیاری از ژن‌ها باشد. (به عنوان مثال، صدها علت ژنتیکی برای صرع وجود دارد.)
• توالی‌یابی کل اگزوم (Whole exome sequencing)/توالی‌یابی کل ژنوم(whole genome sequencing):  این تست‌ها بخش عمده‌ای از DNA یک فرد را برای یافتن واریانت های ژنتیکی تجزیه و تحلیل می‌کنند. توالی‌یابی کل اگزوم یا کل ژنوم معمولاً زمانی استفاده می‌شود که تست تک ژنی یا پانل ژنی منجر به ارائه  تشخیص نشده باشد، یا زمانی که بیماری یا علت ژنتیکی بیماری نامشخص باشد. توالی‌یابی کل اگزوم یا کل ژنوم اغلب از نظر هزینه و زمان مقرون به صرفه‌تر از انجام چندین تست تک ژنی یا پانلی است.

2- تست‌های کروموزومی (Chromosomal tests): این تست هاکل کروموزوم‌ها یا بخش‌های وسیع و طولانی DNA را برای شناسایی تغییرات در مقیاس بزرگ تجزیه و تحلیل می‌کنند. تغییراتی که می‌توان یافت شامل این موارد می باشد:

• اضافه شدن یک نسخه کامل از یک کروموزم یا تریزومی (trisomy)
• حذف شدن یک نسخه کامل از یک کروموزم یا منوزومی (monosomy)
• اضافه شدن یک قطعه بزرگ از کروموزوم (duplication)
• حذف شدن یک قطعه بزرگ از کروموزم (deletion)
• بازآرایی (rearrangement) بخش‌هایی از کروموزوم‌ها مانند جابجایی ها (translocation).

برخی از بیماری های ژنتیکی با تغییرات کروموزومی خاص مرتبط هستند و هنگامی که به یکی از این بیماری ها مشکوک هستیم، می‌توانیم از تست کروموزومی مناسب استفاده کنیم. به عنوان مثال، سندرم ویلیامز (Williams syndrome)  در اثر حذف بخشی از کروموزوم 7 ایجاد می‌شود .

3- تست‌های بیان ژن (Gene expression tests): این تست ها بررسی می‌کنند که کدام ژن‌ها در انواع مختلف سلول‌ها روشن  (بیان‌شده) یا خاموش هستند. هنگامی که یک ژن روشن (فعال) می‌شود، سلول مولکولی به نام  RNA پیام رسان یا messenger RNA (mRNA) را از دستورالعمل‌های موجود در ژن‌ها تولید می‌کند و مولکول mRNA به عنوان یک طرح برای ساخت پروتئین‌ها استفاده می‌شود . تست‌های بیان ژن، mRNA  را در سلول‌ها مطالعه می‌کنند تا مشخص کنند کدام ژن‌ها فعال هستند. فعالیت بیش از حد یا بیان بیش از حد (overexpression)  یا فعالیت بسیار کم یا بیان کمتر از حد (under expression) ژن‌های خاص می‌تواند نشان‌دهنده اختلالات ژنتیکی خاصی مانند بسیاری از انواع سرطان باشد.

4- تست‌های بیوشیمیایی (Biochemical tests): این تست ها مستقیماً DNA را تجزیه و تحلیل نمی‌کنند، اما میزان یا سطح فعالیت پروتئین‌ها یا آنزیم‌هایی را که از ژن‌ها تولید می‌شوند، مطالعه می‌کنند. ناهنجاری‌ها در این مواد می‌تواند نشان دهنده وجود تغییراتی در DNA  باشد که زمینه‌ساز یک اختلال ژنتیکی است. (به عنوان مثال، سطح پایین فعالیت آنزیم بیوتینیداز نشان‌دهنده  بیماری نقص بیوتینیداز (biotinidase deficiency)  است که در اثر واریانت های ژن BTD ایجاد می شود. .

منبع:

https://medlineplus.gov/genetics/understanding/testing/types/

این متن برای نخستین بار در وب سایت کلینیک ژن منتشر شده است برای دسترسی به متن کامل با دنبال کردن لینک در عنوان مطلب به وب سایت کلینیک ژن مراجعه کنید.

تست ژنتیک یا آزمایش ژنتیک چیست؟ کلینیک ژن بهترین آزمایشگاه ژنتیک تهران و ایران

آزمایش ژنتیک نوعی تست پزشکی است که تغییرات در ژن‌ها، کروموزوم‌ها یا پروتئین‌ها را شناسایی می‌کند. نتایج یک تست ژنتیک می‌تواند یک بیماری ژنتیکی مشکوک را تأیید یا رد کند یا به تعیین احتمال ابتلا یا انتقال یک اختلال ژنتیکی به فرد کمک کند. در حال حاضر بیش از ۷۷۰۰۰ تست ژنتیک در حال استفاده است و تست‌های دیگری نیز در حال توسعه هستند.

ژن های شما تقریبا در تمام زمینه های سلامتی شما نقش دارند. یک ژن مانند یک کتابچه راهنمای بدن شما است که به بدن شما می گوید چگونه عمل کند، رشد کند و سالم بماند. افراد حدود 20000 ژن در بدن خود دارند.‏ ‏بسیاری از شرایط سلامتی ارتباط ژنتیکی دارند. ‏‏آزمایش ژنتیک‏‏ می تواند به شما و تیم مراقبت بهداشتی شما کمک کند تا بفهمید که آیا خطر ابتلا به بیماری های خاصی را که در خانواده شما وجود دارد یا خیر. اگر در معرض خطر هستید، ممکن است بتوانید اقدامات پیشگیرانه ای را برای کاهش خطر خود انجام دهید.

تست ژنتیک شامل بررسی تغییرات در موارد زیر است:

• ژن‌ها: این تست ها، توالی‌های DNA را برای شناسایی واریانت ها (جهش‌ها) در ژن‌هایی که می‌توانند باعث ایجاد یا افزایش خطر یک اختلال ژنتیکی شوند، مطالعه می‌کنند. این تست ها می‌توانند دامنه محدود یا وسیعی داشته باشند و یک بلوک سازنده DNA یا نوکلئوتید (nucleotide) ، یک یا چند ژن، تمام توالی های کد کننده یا اگزوم (exome) یا تمام DNA یک فرد یا ژنوم (genome)را تجزیه و تحلیل کنند.
• کروموزوم‌ها: تست‌های ژنتیکی کروموزومی، کل کروموزوم‌ها یا بخش‌های طولانی DNA را تجزیه و تحلیل می‌کنند تا ببینند آیا تغییرات ژنتیکی بزرگی مانند یک کپی اضافی از کروموزوم وجود دارد که باعث ایجاد یک بیماری ژنتیکی می‌شود یا خیر.
• پروتئین‌ها: تست‌های ژنتیک بیوشیمیایی، میزان یا سطح فعالیت پروتئین‌ها یا آنزیم‌ها را بررسی می‌کنند؛ ناهنجاری در هر یک از این دو می‌تواند نشان‌دهنده تغییراتی در DNA باشد که منجر به یک اختلال ژنتیکی می‌شود.

انجام تست ژنتیک داوطلبانه است. از آنجا که تست علاوه بر ، مزایا ، محدودیت‌ها و خطراتی نیز دارد ، تصمیم در مورد انجام یا عدم انجام تست، امری شخصی و پیچیده است. یک متخصص ژنتیک یا مشاور ژنتیک می‌تواند در طی جلسات مشاوره ژنتیک، با ارائه اطلاعات در مورد مزایا و معایب تست و بحث در مورد جنبه‌های اجتماعی و عاطفی آن، به فرد برای تصمیم گیری در مورد انجام یا عدم انجام تست کمک کند.

برای اطلاعات بیشتر در مورد تست های ژنتیک، مطالب زیر را مطالعه نمایید:

آزمایشگاه ژنتیک کلینیک ژن
NGS چیست؟
توالی‌یابی هول اگزوم (WES) و توالی‌یابی هول ژنوم چیست؟
NIPT یا آزمایش غیرتهاجمی پیش از تولد چیست؟
PND یا تشخیص پیش از تولد چیست؟
PGT یا تشخیص پیش از لانه گزینی چیست؟
تعیین جنسیت به روش PGT
آزمایش ریزآرایه کروموزومی یا Array چیست؟
تست کروموزومی یا کاریوتایپ چیست؟‏
مزایای آزمایش ژنتیک چیست؟
خطرات و محدودیت‌های آزمایش ژنتیک چیست؟
آزمایش ژنتیک چگونه انجام می‌شود؟

در صورت تمایل به دریافت مشاوره ژنتیک یا نیاز به انجام تست ژنتیک، جهت هماهنگی و تعیین نوبت مراجعه اینجا را کلیک کنید.

منبع:

https://medlineplus.gov/genetics/understanding/testing/genetictesting

این متن برای نخستین بار در وب سایت کلینیک ژن منتشر شده است برای دسترسی به متن کامل با دنبال کردن لینک در عنوان مطلب به وب سایت کلینیک ژن مراجعه کنید.