از نظر اصولی در صورتیکه که پی جی دی در یک مرکز معتبر و توسط افراد صاحب نظر و از طریق تکنیک (FISH) انجام گیرد دقت آن صد در صد است و قاعدتا نمی بایست خطایی در آن صورت گیرد. با این وجود از آن جا که این روش نیازمند همکاری گروهی و متضمن همکاری چندین گروه تخصصی می باشد و در گرو های دیگر خطایی در انتخاب یا شماره گزاری و یا انتقال جنین ها اتفاق افتد از نظر تئوری امکان اندکی برای تشخیص اشتباهی جنسیت وجود دارد که می بایست مد نظر قرار گیرد و خانواده ها از آن مطلع باشند.
